В настоящее время при сокращении биологического разнообразия особую актуальность представляют исследования, связанные с оценкой состояния популяций редких и охраняемых видов гидробионтов. Среди рыб в пределах Вологодской области к таковым относится европейский хариус, который обитает в основном в средних и малых реках. Этот вид встречается в Онежском озере, а также во многих водотоках региона, но везде имеет низкую численность. Уязвимость хариуса определяется высокой требовательностью к качеству местообитаний. Он нерестится на каменистых грунтах, вода в реке должна иметь высокое содержание растворенного в воде кислорода и невысокую температуру. Комплекс этих показателей характеризуют ценные водные биотопы с реофильным набором видов из разных систематических групп, а хариус служит биоиндикатором таких местообитаний. Однако отмечаемое в течение последних десятилетий сокращение численности хариуса и его выпадение из состава ихтиофауны водотоков свидетельствуют о деградации биотопов, пригодных для обитания реофильного комплекса гидробионтов.
Одной из мер охраны видов является их включение в Красные книги. Это, с одной стороны, позволяет ограничить хозяйственное использование водотока, а с другой - запретить добычу видов. В настоящее время хариусы из рек бассейна Верхней Волги включены в Красную книгу РФ и имеют 2 статус охраны как сокращающиеся в численности популяции широко распространенного вида. В Вологодской области площадь водосборных бассейнов притоков реки Волги занимает 38% территории и включает следующие региональные бассейны: рек Суды, Мологи, Шексны, Унжи, Ветлуги, Костромы и озера Белого. Однако, согласно Правил рыболовства для Северного рыбохозяйственного бассейна, запрещается ловить хариуса в водных объектах Чагодощенского, Устюженского, Бабаевского и Кадуйского районов, что включает водотоки бассейнов рек Мологи и Суды. На остальной территории региона, включающей водотоки бассейнов стока Атлантического и Северного Ледовитого океанов, а также часть рек бассейна Каспийского моря, добыча этого вида Правилами рыболовства разрешена. По данным официальной статистики за последние годы вылавливается от 500 до 900 кг хариуса. Таким образом, несмотря на регламентируемые Красной книгой РФ охранные мероприятия, добыча этого вида в водотоках бассейнов рек Шексны, Унжи, Ветлуги, Костромы и озера Белого согласно действующим Правилам рыболовства разрешена.