Научный журнал
Успехи современного естествознания
ISSN 1681-7494
"Перечень" ВАК
ИФ РИНЦ = 0,791

ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ЭСТРОГЕНСВЯЗЫВАЮЩИХ БЕЛКОВ АЛЬФА-ФЕТОПРОТЕИНА С 17Β-ЭСТРАДИОЛОМ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Молдогазиева Н.Т. Терентьев А.А. Антонов М.Ю. Шайтан К.В.
Альфа-фетопротеин (АФП) - основной онкофетальный белок млекопитающих, который характеризуется молекулярной массой около 70 кДа и трехдоменным пространственным строением. Одной из возможных биологических функций АФП может являться связывание и транспорт различных гидрофобных лигандов, в том числе эстрогенов.

Способность с высокой аффинностью связывать как свободные, так и иммобилизованные эстрогены была продемонстрирована для АФП мыши и крысы. Для альфа-фетопротеина человека было показано высокоэффективное связывание иммобилизованных эстрогенов. Локализация эстрогенсвязывающего участка АФП крысы была произведена с использованием химерного белка и было показано, что он расположен в домене III и включает аминокислотные остатки (а.о.) 423-506. Предполагается, что пептидный фрагмент, состоящий из 15 а.о., ELIDLTGKMVSIAST (424-438), является высокоаффинным (с Кd около 10-8 М) эстрогенсвязывающим участком АФП крысы. Аналогичный участок был обнаружен в составе АФП мыши. Путем сравнения первичных структур АФП человека и крысы был выявлен участок ELMAITRKMAATAAT (а.о. 428-442), который, предположительно может также быть высокоаффинным эстрогенсвязывающим участком АФП человека. С использованием метода конкурентного анализа было показано, что пептидный фрагмент АФП человека AADIIIGHLCIRHEM (а.о. 458- 472) способен связывать 17β-эстрадиол со средней аффинностью (Кd около 10-5 М).

Целью нашего исследования являлось изучение эстрогенсвязывающей способности вышеуказанных пептидных фрагментов с использованием метода молекулярной динамики (МД). Для этого были созданы модельные системы, состоящие из молекул пептидов и 17β-эстрадиола в различных соотношениях (1:1, 1:4 и 4:1) с различным исходным расположением пептидов и гормона.. МД расчеты осуществляли при длине траектории 10 нс с использованием термостатов Берендсена и столкновительного с заданными температурами 300, 600 и 1000К. Обработку полученных траекторий осуществляли с помощью оригинальной программы для расчета парных расстояний и свободной энергии взаимодействия (∆F).

Была произведена оценка связывающей способности каждого пептида и аминокислотных остатков, предпочтительно участвующих во взаимодействии. Показпно, что в составе пептида ELMAITRKMAATAAT АФП человека во взаимодействии участвуют следующие а.о.: Glu-428, Leu-429, Ile-432, Arg-434, Met-436, Ala-440, Ala-441 и Thr-442. В составе низкоаффинного петида АФП человека предпочтительными являются а.о. Ala-458, Ala-459, Asp-460, Ile-461, Ile-462, His-465 и Arg-469. В составе пептидного фрагмента АФП крысы в образовании коплекса с гормоном участвуют Glu-424, Asp-427, Lys-432, Met-433, Ile-435, Ala-436 и Ser-437. Связывание гормона зависело также от изменения конформации пептидов, оцениваемому по двумерным и трехмерным картам распределения плотности вероятности для торсионных углов φ, ψ, χ .


Библиографическая ссылка

Молдогазиева Н.Т., Терентьев А.А., Антонов М.Ю., Шайтан К.В. ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ЭСТРОГЕНСВЯЗЫВАЮЩИХ БЕЛКОВ АЛЬФА-ФЕТОПРОТЕИНА С 17Β-ЭСТРАДИОЛОМ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ // Успехи современного естествознания. – 2005. – № 12. – С. 86-87;
URL: https://natural-sciences.ru/ru/article/view?id=9721 (дата обращения: 03.12.2021).

Предлагаем вашему вниманию журналы, издающиеся в издательстве «Академия Естествознания»
(Высокий импакт-фактор РИНЦ, тематика журналов охватывает все научные направления)

«Фундаментальные исследования» список ВАК ИФ РИНЦ = 1.074