Неэффективные механизмы фильтрации предложений о программных разработках привели к признанию программными проблем, многие из которых, во-первых, вполне могли быть решены и без включения в программу; во-вторых, выходят далеко за пределы возможностей ресурсного обеспечения, как из бюджетных, так и из внебюджетных источников; в-третьих, их включение в ФЦП «Юг России» есть результат лоббирования и влияния отдельных лиц и региональных властей.
Нельзя не отметить и низкий уровень обоснования стратегических целей и вытекающих из них основных задач программ, что снижает качество проектов; чрезмерное завышение заявок на бюджетное финансирование региональных программ и занижение в случае утверждения программ межрегионального значения; отсутствие четко выраженных приоритетов в финансировании ключевых проектов и программных мероприятий; зачастую региональные власти пытаются решить за счет программы все территориальные проблемы, в том числе и те, которые вполне могут быть решены посредством традиционных методов организации, планирования и управления на внепрограммной основе.
Следует стремиться к тому, чтобы программа по мере ее развертывания переходила на режим саморазвития и самофинансирования, то есть реализуемые мероприятия (имеющие быструю окупаемость) должны генерировать средства для последующих мероприятий программы. Поскольку региональная программа разрабатывается на средне - или долгосрочный период, она должна корректироваться, обновляться, адаптироваться к изменяющимся целям и условиям. С этим связана и необходимость создания более совершенной методики оценки эффективности и результативности основных этапов реализации программы как системы, а не только суммы отдельных мероприятий, для которых применяются частные методики оценки эффективности.