Педагогическая деятельность Шхагапсоева С.Х. включает и неоднократное его участие в качестве эксперта специальности «Биология» и «Экология» в составе аттестационной комиссии Минобразования и науки РФ в вузах ЮФО. При его непосредственном участии подготовлены документы и открыты в КБГУ две специальности: «Экология» (переформированная впоследствии в «Охрану окружающей среды») и «География». По его инициативе с 2004-2005 учебного года проводится межрегиональная полевая практика для студентов биологов и экологов Кабардино-Балкарского и Дагестанского государственного университетов с целью ознакомления последних с принципами организации научных исследований в условиях различных типов ландшафтов и обучение конкретным методам полевых исследований.
Научная деятельность профессора широко известна не только в Кабардино-Балкарской Республике, Южном Федеральном округе, в России, но и далеко за ее пределами.
За годы работы им опубликованы около 400 научных работ (монографий, статей, тезисов докладов, учебных пособий) в области флористики, фитоэкологии, фитоценологии, фитосозологии, этноботаники, экологического права, образовательной политики. Под редакцией профессора Шхагапсоева С.Х. выпущены более 25 научных тематических сборников. Под его руководством подготовлены и защищены 14 кандидатских диссертационных работ по специальностям «Ботаника», «Экология», «Биоресурсы», «Экономика»; еще одна представлена к защите. За последние годы им оппонировано шесть диссертаций на соискание ученой степени доктора наук и 28 кандидатских диссертаций; на сегодня является руководителем пяти и консультантом трех кандидатских диссертаций.
Профессором Шхагапсоевым С.Х. организованы и проведены семь научно-практических конференций, в том числе три международные (2001, 2004, 2006 гг.). Участвовал в нескольких областных, 16 региональных, более чем 25 Международных научно-практических конференциях, в 10 региональных и всесоюзных (всероссийских) совещаниях, в шести научных съездах и конгрессах; организовал проведение ряда научных совещаний по проблемам изучения биоразнообразия Кавказа. С 2005 по 2008 годы - руководитель двух научных грантов.
Сафарби Хасанбиевич является членом центрального Совета Русского Ботанического Общества (РБО) и председателем Кабардино-Балкарского отделения РБО; с 1997 по 2003 годы - член коллегии Министерства природных ресурсов КБР; Член Президиума ООО «Педагогическое собрание» РФ и председатель Регионального совета Кабардино-Балкарского отделения ООО «Педагогическое собрание» РФ; Член Политического Совета Регионального отделения ВПП «Единая Россия».
Все годы работы в ВУЗе является ответственным редактором «Вестника Кабардино-Балкарского госуниверситета» (сер. Биологические науки). Сегодня профессор - член редколлегии журналов «Экологический журнал Северного Кавказа» и «Юг России: Экология, развитие», основатель научно-педагогического журнала «Образование +».
Он активно занимается общественной и политической деятельностью в Кабардино-Балкарской Республике, избирался депутатом Парламента Кабардино-Балкарской Республики третьего созыва.
Профессор Шхагапсоев С.Х. отмечен многочисленными дипломами и грамотами, награжден медалями, как отраслевых министерств, так и за выдающиеся успехи и вклад в науку:
- Медаль «Золотая кафедра России» РАЕ;
- Медаль им. Н.И. Вавилова за выдающиеся работы в области генетики, селекции и растениеводства РАЕ;
- Медаль им. В.И. Вернадского за выдающиеся успехи в науке;
- Медаль им. Н. Нобеля за заслуги в области изобретательства РАЕ;
- Медаль «Народное признание педагогического труда - Учитель Великой России», Всероссийское педагогическое собрание;
- Медаль за вклад в реализацию Национального проекта «Образование» II степени;
- Медаль им. К.Э. Циолковского, Федерация космонавтики РФ;
- Медаль Европейской исторической Академии (Лондон);
- Диплом Российского геологического общества;
- Диплом Межрегиональной Ассоциации дополнительного образования;
- Диплом ООО «Педагогическое собрание» РФ;
- Диплом Регионального отделения ВПП «Единая Россия»;
- Благодарность Президиума Северо-Кавказского Научного Центра Высшей Школы;
- Почетное звание Президиума РАЕ «Основатель научной школы»;
- Заслуженный деятель науки Кабардино-Балкарской Республики;
- Заслуженный деятель науки и образования (РАЕ)
- Почетная Грамота Кабардино-Балкарской Республики;
- Почетная Грамота Парламента Кабардино-Балкарской Республики;
- Почетная Грамота Кабардино-Балкарского госуниверситета им. Х.М. Бербекова;
- Почетный работник Общего образования Российской Федерации.
Указом Президента Кабардино-Балкарской Республики А.Б. Канокова 5 июля 2006 года назначен Министром образования и науки КБР. За это время произошли позитивные сдвиги, благодаря реализации республиканских программ и приоритетного Национального проекта «Образование», в особенности комплексного проекта модернизации региональной системы образования.
В его честь назван новый вид рода Ecrinolepis.
О нем пишут ученые и специалисты: «Среди прекрасных ботаников Кавказа С.Х. Шхагапсоев занял свое достойное место» (академик РАН, заслуженный деятель науки РФ проф. П.Л. Горчаковский). «С.Х. Шхагапсоев - один из ведущих специалистов в области систематики, экологии и географии растений Северного Кавказа... - Руководимый им коллектив кафедры ботаники Кабардино-Балкарского университета за короткий срок выполнил большой объем оригинальных исследований и выдвинулся в число ведущих научных подразделений в Северо-Кавказском регионе» (д.б.н., проф., заслуженный деятель науки РФ, академик РЭА Г.М. Абдурахманов). «...Он пользуется заслуженным уважением коллег, как в нашей стране, так и за рубежом» (член-корр. РАН, проф. В.Н. Павлов; д.б.н., проф. В.Г. Онипченко). «Своими достижениями, принципиальностью при решении научных проблем в области биоразнообразия он заслужил авторитет в кругу крупных специалистов, как отечественных, так и зарубежных» (д.б.н., проф. А.Л. Иванов).