В основу построения системы управления организационными преобразованиями заложены синергетические принципы. Управление заключается в создании условий для продуктивной коммуникации, с целью последующего партнерства участников и структур организационного пространства в условиях общей недостаточности ресурсов. Коммуникация рассматривается не только в качестве необходимого условия создание целостности системы управления, но и как механизм мониторинга организационного пространства. В качестве средства организации коммуникационного пространства используется система каналов, ориентированная на поддержку свободных коммуникаций, что является условием формирования самоорганизующихся структур. Моделирование коммуникационного пространства, предназначенное для управления процессами самоорганизации, включает: метод построения модели поведения самоорганизующейся системы, методы управления неформальными организационными отношениями, а также основные характеристики структуры системы организационного управления. Процесс самоорганизации элементов является образом поведения системы в условиях возникновения проблемной ситуации, инициируемой внешними и внутренними изменениями. Совокупность образов или моделей поведения являются основой для эффективного управления организационной системой. Построение системы как проектно-ориентированной является одним из подходов к созданию надежных и адаптивных организационных систем.