Научно-исследовательская работа всегда являлась одним из важнейших факторов повышения качества подготовки специалистов. Местный комитет и профсоюзная организация постоянно уделяли большое внимание развитию и совершенствованию научно-исследовательской работы. Профсоюзы способствовали развитию научно-исследовательского и технического творчества студенчества. Они вовлекали студентов в научные кружки при кафедрах, нередко выполняющие госбюджетные и хоздоговорные исследовательские работы. Совместно с другими общественными организациями профкомы участвовали в проведении смотров и конкурсов на лучшую научную работу студентов, в организации научных конференций. Одной из форм организации работы среди студентов являлись СКБ (студенческие конструкторские бюро). Например, с 1961 г. на инженерно-технических факультетах работало студенческое конструкторское бюро «Мордовстудпроект». СКБ проводило инженерно-изыскательные работы, разрабатывало проектную документацию на строительство сооружений в совхозах, колхозах, и различных ведомствах республики. СКБ призван был улучшить подготовку молодых специалистов, укрепить связь учебного заведения с производством.
Особого внимания заслуживают студенческие научные кружки. Из них вышло поколение ученых достойно представлявших научно-педагогическое сообщество республики: Н.Ф. Мокшин, В.С. Ивашкин, М. Ф. Жиганов, М.Т. Бибин и др. В 1959-1960 гг. в университете работало более 30 научных кружков, в которых занималось около 400 студентов. В Постановлении ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О повышении эффективности научно - исследовательской работы в высших учебных заведениях», принятом 6 апреля 1978 г., внимание профсоюзной организации было обращено на необходимость дальнейшего развития научных исследований в высшей школе. Руководствуясь этим постановлением, университетский профком принял активное участие в развитии научно-исследовательской работы студентов. В 1980 г. в ней участвовало уже 6265 человек. Лучшие работы студентов были представлены на зональные и всесоюзные конкурсы. В 1980-е гг. из представленных более чем 260 работ каждая четвертая была отмечена Почетной грамотой.
В научно-исследовательскую работу университета включался большой коллектив научных сотрудников. Тематика исследований охватывала различные разделы физики, механики, химии, биологии, истории, сельскохозяйственных и технических наук. В 1970/71 уч. г. для координирования и организации научно-исследовательской работы был создан научно-исследовательский сектор - НИС, который возглавлялся инженером А.А. Хоменко. Усиление со стороны профсоюзных организаций контроля за выполнением научных -исследований, выразившееся во включении соответствующего пункта в планы работ местных профбюро, способствовало повышению их качества, своевременному выполнению, ускорению внедрению законченных проектов, повышению эффективности исследований и т.д. Многие исследования представляли большой практический и научный интерес.
Количество тем, определенных как важнейшие, возросло с 6 в 1975 г. до 74 в 1980 г. и стало составлять 72,5% от тематического плана университета. В 1980 г. работа выполнялась по 102 хоздоговорам с различными объединениями сельскохозяйственными предприятиями и организациями. В научно-исследовательской работе принимало участие 92% преподавателей и 84% студентов дневного отделения С 1987 г. научный отдел ввел аттестацию научной деятельности ученых и преподавателей, чтобы повысить эффективность их разработок. В подготовке положения по аттестации учитывались предложения трудовых коллективов с тем, чтобы учесть специфику всех подразделений. Это дало положительные результаты. Если в 1971 г. по хоздоговорной тематике выполнялось исследований на 600 тыс. руб. (при плане в 460 тыс. руб.), то в 1989 гг. их объем возрос в несколько раз и за 3 года, составил 8,6 млн. руб. В производство было внедрено 62 научных разработки, получено 94 авторских свидетельства. Только за один 1989 г. отраслевыми лабораториями выполнен объем работ на сумму 3,8 млн. руб. с экономическим эффектом более 2-х млн. руб.
Таким образом, профсоюз Мордовского госуниверситета принимал активное участие в развитии научно-исследовательского творчества профессорско-преподавательского и студенческого состава, как через своих непосредственных представителей, так и путем направления их деятельности планами и системой мониторинга. Он также обеспечивал сотрудникам необходимые материальные стимулы для работы и условия для полноценного отдыха.