Работу по изучению состава микрофлоры выращиваемой рыбы проводили на прудовом рыбоводном хозяйстве (учебно-опытное рыбоводное хозяйство КГТУ) и садковом хозяйстве (нерестово-выростное хозяйство «Прибрежное»). Учебно-опытное рыбоводное хозяйство КГТУ (УОРХ) - полносистемное карповое хозяйство. Объектом выращивания на нерестово-выростном хозяйстве «Прибрежное» (НВХ «Прибрежное») является форель.
Микрофлора сеголетков и годовиков карпа УОРХ была представлена грамотрицательными бактериями (бактерии родов Aeromonas и Pseudomonas), санитарно-показательными микроорганизмами (бактерии семейства Enterobacteriaceae). Кроме того, были выделены сапрофитные бактерии рода Bacillus, Micrococcus, Staphylococcus, которые являются представителями нормальной микрофлоры рыб и не имеют для них этиологического значения. На протяжении всего периода наших исследований состав условнопатогенной микрофлоры карпа был представлен бактериями рода Aeromonas и Pseudomonas. Псевдомонад выделяли из посевов жабр и крови. Аэромонады обсеменяли жабры и все внутренние органы карпа. Присутствие условно-патогенной микрофлоры в посевах органов карпа, по-видимому, связано с отсутствием очистки и недостаточной дезинфекцией воды в данном хозяйстве. Из санитарно-показательных микроорганизмов в посевах кожи карпа были обнаружены бактерии рода Proteus. Кровь, печень, селезенку обсеменяли бактерии рода Enterobacter. Обсемененность рыбы кишечными бактериями также объясняется отсутствием очистных сооружений на хозяйстве и своевременных профилактических мероприятий.
В НВХ «Прибрежное» микробный пейзаж форели был представлен условно-патогенными бактериями аэромонадно-псевдомонадного комплекса, которых обнаруживали на коже и некоторых внутренних органах рыбы (желчный пузырь, печень, почки). Санитарно-показательные микроорганизмы родов Proteus и Citrobacter встречали в небольших количествах и в единичных органах. Из грамположительных бактерий были выделены бациллы и кокки. Условнопатогенные бактерии при определенных стрессовых условиях могут спровоцировать инфекционные заболевания форели на данном хозяйстве.
Также был изучен состав микрофлоры с эпизоотической точки зрения двух ценных объектов промысла: европейского угря и леща, обитающих в Вислинском и Куршском заливах. У европейского угря в Вислинском заливе в последние годы отмечаются поражения кожных покровов. Мы попытались выяснить, какие условно-патогенные бактерии вызывают характерные поражения кожи и могут ли они стать причиной заболеваний угря. Данные исследования ведутся с 2000-го года. Микрофлору угря залива изучали в различные сезоны года. Клинические и патологоанатомические признаки у угря характерны для геморрагической септицемии, полиэтиологического заболевания рыб, вызываемое подвижными аэромонадами, псевдомонадами, энтеробактериями и флавобактериями. Бактерии родов Aeromonas и Pseudomonas значительно преобладали в микробном пейзаже угря, их обнаруживали на коже, жабрах и всех внутренних органах рыбы. Кроме того, в ассоциации с доминирующими группами бактерий, в микрофлоре угря были встречены вибрионы и энтеробактерии, которые также относятся к возбудителям заболеваний рыб. Бактерии рода Alcaligenes, относящиеся к сапрофитной микрофлоре рыбы, постоянно обнаруживали в рыбе во все периоды исследования. Оценка эпизоотического состава микрофлоры угря Вислинского залива позволяет предположить, что патологические изменения кожных покровов и внутренних органов угря вызваны смешанной аэромонаднопсевдомонадной инфекцией. В рыбопромысловых уловах леща Вислинского и Куршского заливов регистрируют наличие язв и покраснений на коже рыбы. Начиная с 1998 года, нами проводятся исследования микрофлоры леща обоих заливов с целью выявить возбудителей, участвующих в развитии данных поражений. При бактериологическом анализе микрофлоры леща были выделены условно-патогенные бактерии родов Aeromonas и Pseudomonas, которые, вероятно, вызывают патологические изменения кожных покровов и внутренних органов леща.
Таким образом, бактериологические исследования рыб различных видов в рыбоводных хозяйствах и рыбохозяйственных водоемах показывают наличие в них условно-патогенных бактерий аэромонаднопсевдомонадного комплекса, которые вызывают различные патологические процессы у рыб, приводящие к порче их товарного вида и, в некоторых случаях, к гибели рыбы.