Начало ХХI века характеризуется все нарастающей дестабилизацией фитосанитарной ситуации в агроландшафтах. Это явление связано со структурными и качественными изменениями в агроценозе и означает смену доминант, при которой малозначимые смежнообитающие вредные виды трансформируются в экономически значимые. В Краснодарском НИИСХ им. П.П.Лукьяненко исследованиями по изучению популяции возбудителей гнилей в  Краснодарском крае занимаются с семидесятах годов, а с 1998года предпринята попытка изучения популяции в Западном Предкавказье. Для этого в 1998-2005 годах были проведены маршрутные обследования посевов озимой пшеницы в 64-х районах. Работа выполнялась совместно с Краснодарской, Ставропольской краевыми и Ростовской областной станциями защиты растений. Возбудители гнили, представленные в Западном Предкавказье видами рода Alternaria, Pythium, Helmin th ospor ium, Wojn owicia, Fusarium, Cercosporella, Ophiobolus, Rhizoctonia  имеют различные уровни встречаемости в патоценозах озимой пшеницы. Частота встречаемости всех видов по годам менялась от 0,5 до 95%. Состав и частота встречаемости возбудителей гнилей колебалась по фазам развития растений озимой пшеницы. Так в фазе кущения - трубкования основными были виды из рода Fusarium, Alternaria, Pythium, Rhizoctonia, Helminthosporium, Cercosporella, Wojnowicia (по мере уменьшения процента встречаемости). А в фазе налива зерна Ophiobolus, Rhizoctonia Fusarium, Helminthosporium - Cercosporella. Виды из рода Pythium, Alternaria, Helminthosporium в фазе налива зерна или имели очень низкий процент встречаемости или вообще не отмечались. Частота встречаемости видов из рода Alternaria коллерирует с влажными условиями уборки зерна в предыдущем году и с применяемыми протравителями. Так, в 1998г. заспоренность семян перед посевом  этими  грибами  составляла  28,5-50,0%  и 1999г. частота встречаемости этих видов в образцах растений пораженных гнилями в фазе кущения трубкования составляла соответственно18,5 и 20,0%. Фузарии широко представленны в патокомплексе гнилей особенно в фазе кущения - трубкования. При этом частота встречаемости Fusarium nivaleв 19951998гг. составляла 15,0%, а в 1999 - 2003гг. уже 34,5% с максимумом в снежные 2000 и 2002 годы. В 1998 году некоторые районы Северной подзоны Краснодарского и Ставропольского краев характеризовались очень низким процентом фузариев на озимой пшенице. В то же время здесь наблюдалось значительное присутствие грибовантагонистов фузариев из рода Acremonium, Gliocladium, Chaetomium, Trichoderma и др. Может это связано с самоочищением агроценозов от накопившихся там фузариев и является одним из элементов многолетних процессов динамики видового состава микробных ценозов на полях. Нами проводилось изучение штаммов возбудителей гнилей выделенных с различных местпоражаемость растений озимой пшеницы различных сортов, влияние штаммов на образование и рост корешков. При заражении растений озимой пшеницы разных сортов Fusarium graminearum штамм К21 вызывал поражение проростков на сортах Юбилейная 100 и Краснодарская99 соответственно на 15 и 33%, а на сортах Палпич, Фишт, Дельта и Вита -почти на 100%. В то время как при заражении штаммомС-15 только на сорте Дельта отмечалось почти 100%-ное поражение. На остальных сортах поражение колебалось от 8 (Юбилейная-100) до 88% (Краснодарская99). Изучаемые штаммы Ophiobolus graminis снижали количество зародышевых корешков на сорте Победа-50 (штамм 11с -в 2 раза больше), а на сорте Батько такого действия не отмечено. Штамм.-11с|4 на 100% заражал зародышевые корешки сорта Батько и на 90%сорта Победа-50; штамм 12с|4 заражал зародышевые корешки сорта Батько всего на 75%, зато сорта Победа50 - на 100%; Проростки штамм 11с|4 -на сорте Батько вообще не заражал, а на сорте Победа-50 только на 13,6%, в то время как штамм 12с|4 на сорте Батько заражал проростки на 16.7%, а на сорте Победа-50 -33,3%. По сравнению с контролем штамм 9-с Rhizoctonia снижал длину проростков на обоих сортах, но на сорте Батько почти в 2 раза меньше, чем на сорте Победа-50. Данный штамм гриба оказывал сильное угнетающее действие на рост зародышевых корешков сорта Победа-50, в то время как на сорте Батько этого отрицательного действия не отмечено(в двух повторностях из десяти отмечена стимуляция до 14% длины корешков) на сорте Победа-50 штамм 9-с Rhizoctonia снижал количество зародышевых корешков в среднем на 35,9%, а на сорте Батько стимулировал увеличение их количества в среднем на 35,7 %. Таким образом видовой состав патогенного комплекса гнилей на озимой пшенице в отдельные годы претерпевает существенные изменения. На смену одним видам при определенных агроэкологических условиях приходят другие, нетрадиционные патогены как например Rhizoctonia, которые не имели экономического значения, но при благоприятных условиях для развития могут принимать широкое распространение.