С помощью иммуногенетического анализа можно изучить генетическую дифференциацию не только линий и семейств одной породы, но и разных пород. По встречаемости 19 эритроцитарных антигенов 7 генетических систем были сравнены свиньи кемеровской и крупной белой пород, которые получили наибольшее распространение в Западной Сибири. Так, в системе A все животные обеих пород были негативными по антигену A-, а частота фактора Aср в кемеровской породе составила 14,7%, или в 5,2 раза больше, чем у крупной белой породы.
Не установлено значительных различий между породами по встречаемости эритроцитарных антигенов систем B и D. Однако в других системах по некоторым антигенам выявлены существенные различия. Так, в системе E частота антигена Ea у кемеровской породы составила 24,2%, а у крупной белой 52,9%, или в 2,2 раза выше, частота антигена Eb у последней породы больше в 1,28 раза, а антигена Ef - в 1,21 раза.
Характерным маркерным антигеном для кемеровской породы является Fa, который она получила от свиней Юго-Восточной Азии через беркширскую породу, использовавшуюся при ее выведении. Частота данного маркерного антигена составила 45,8%, у крупной белой породы встречаемость данного фактора в 10 раз ниже и равна 4,6%. По антигену Fb различия между породами незначительны.
Различаются породы и по частоте антигенов генетических систем G и K. Так, у кемеровской породы встречаемость антигена Ga в 1,46 раза выше, чем у крупной белой, однако у второй породы в 1,53 раза больше частота фактора Gb. Частота антигена Ka у крупной белой породы составила 77,4 %, или в 4,4 раза выше, чем у кемеровской, вследствие чего этот фактор можно считать маркерным для первой породы, наоборот, концентрация антигена Kb у кемеровской породы составила 96,2%, или в 1,7 раза больше по сравнению с крупной белой.
Приведенные данные свидетельствуют об определенных различиях по фонду эритроцитарных антигенов между животными крупной белой и кемеровской пород, что указывает на своеобразие формирования этих пород свиней.