В августе 2010 года прошла научная экспедиция по изучению возможностей развития водного туризма на маломерных судах по Волго-Балтийской водной системе. Одной из задач экспедиции являлось изучение состояния ООПТ в пределах Мариинской водной системы вдоль предполагаемых туристических маршрутов. Одним из таких объектов оказался остров Ваганиха, который находится в окрестностях Череповца при слиянии рек Суды и Шексны, там, где начинается путь теплоходов по Волго-Балтийскому каналу. Остров объявили ландшафтным заказником в 1984 году для охраны уникальной на северо-западе России колонии серых цапель и других редких птиц. Вместе с тем, его флора тогда не была изучена.
Нами были обследованы в ботаническом отношении леса в восточной части острова (сосняк разнотравно-зеленомошный) и прибрежная зона. Северо-восточная часть острова покрыта сосняками, которые занимают 104 га при общей площади заказника в 189 га. Лесной массив (кв. 109) находится в ведении Череповецкого лесничества. Западная часть острова занята разнотравными суходольными лугами (85 га), которые сейчас не выкашиваются и зарастают ивами и ольхой. Сосняки зеленомошного типа, брусничные или бруснично-разнотравные; формула состава древостоя - 10С + Б + Ос, возраст древостоя - 60-80 лет. В подросте - ель, рябина, реже сосна; подлесок довольно разнообразен и включает 14 видов кустарников: шиповник коричный, можжевельник, жимолость обыкновенная, бузина красная, ирга овальнолистная, свидина белая, калина, малина, ивы черниковидная, чернеющая и сизоватая, калина, смородина кистистая и черная, крушина. Появление ряда кустарников (калина, свидина, бузина, ирга) связано с растительноядными птицами, которые разносят их семена, т. к. эти виды в области либо редки, либо встречаются только в культуре. Достаточно разнообразен и травянистый ярус леса.
Предварительный список растений, выявленных на острове, включает 130 видов из 95 родов 43 семейств. Здесь найдены три охраняемых (Ulmus glabra, Chimaphila umbellata, Polygonatum odoratum) вида и десять видов биологического контроля (Platanthera bifolia, Convallaria majalis, Diphasiastrum complanatum, Viscaria viscosa, Eleocharis acicularis, Petasites spurius, Ranunculus lingua и другие). Из всех выявленных видов 47 отмечены для побережий острова и зарослей ивняка. Флора острова требует дальнейшего изучения, т.к. мы считаем полученные данные предварительными.