ЛЗ «Атлека» и вологодская часть Великого Андомского водораздела (далее ВАВ) находятся в поле зрения флористов и геоботаников, начиная с 1983 года. Здесь работали учёные из КарНЦ РАН, ЦЭПЛ РАН, ИМПБ РАН, ИЛАН РАН, а также представители ВГПИ/ВГПУ. Вместе с тем, в обобщающей сводке (Великий Андомский водораздел, 2000) нет флористических списков для ВАВ и ООПТ, расположенных на его территории.
По данным А. В. Кравченко (ИБ КарНЦ РАН), в пределах кварталов 28-30, 55-57, 85-87 (собственно «Атлека») и 24-27, 51-54 (окрестности озера Дикое) произрастает 211 видов, а биоразнообразие участка ЛЗ «Атлека» - ГЗ «Сойдозерский» составляет 343 вида (Великий Андомский водораздел, 2000). В ходе инвентаризации фондов и публикаций (до 2009 года) были скомпилированы списки, включающие: для ЛЗ «Атлека» - 183 вида (118 родов 53 семейств); для ВАВ - 203 (126/56). Во время полевых исследований в 2010 году выявлено: в ЛЗ «Атлека» - 80 видов (62 рода 34 семейств); в окрестностях заказника - 278 (167/65). На 2010 год флора вологодской части ВАВ (ЛЗ «Верхне-Андомский» и «Атлека», ГЗ «Сойдозерский», а также их окрестности в радиусе 5 километров) представлена, с учётом ранее известных растений, 349 видами из 192 родов 68 семейств.
Биотопы ЛЗ «Атлека» и его окрестностей насыщены редкими растениями, в частности здесь выявлены 23 охраняемых вида (Baeothryon alpinum, Baeothryon caespitosum, Carex atherodes, Cinna latifolia, Corallorhiza trifida, Cypripedium calceolus, Dactylorhiza traunsteineri, Diplazium sibiricum, Drosera anglica, Hammarbya paludosa, Hippochaete scirpoides, Huperzia selago, Ligularia sibirica, Listera cordata, Nymphaea tetragona, Pedicularis sceptrum-carolinum, Ranunculus subborealis, Rhynchospora alba, Rubus humulifolius, Salix dasyclados, Saussurea alpina, Utricularia intermedia, Viola selkirkii) и 19 видов, требующих биологического контроля (Actaea erythrocarpa, Betula humilis, Convallaria majalis, Dactylorhiza fuchsii, Daphne mezereum, Diphasiastrum complanatum, Empetrum hermaphroditum, Epipactis palustris, Galium triflorum, Glyceria lithuanica, Goodyera repens, Gymnadenia conopsea, Lycopodium clavatum, Matteuccia struthiopteris, Moneses uniflora, Oxycoccus microcarpus, Platanthera bifolia, Salix myrtilloides, Utricularia minor).
Список литературы
1. Великий Андомский водораздел / под ред. В.С. Куликова. - Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2000. - 60 с.