Состав ихтиофауны водоемов и водотоков определяется с одной стороны экологическими особенностями экосистем, а с другой стороны принадлежностью к бассейнам стока. Если первая группа факторов определяет состав через представленность благоприятных для того или иного вида местообитаний, то вторая - ограничивает расселение видов. В результате соединения бассейнов стока происходит проникновение видов, их расселение и включение в структуру рыбного населения. В пределах Вологодской области ярким примером влияния магистральных водных путей, соединяющих водотоки бассейнов Балтийского и Каспийского морей, является Мариинская (впоследствии Волго-Балтийская) водная система.
Выделяется несколько причин, повлиявших на состав рыбного населения водных объектов Мариинской водной системы. В первую очередь, через водораздельный канал из бассейна Каспийского моря в Балтийское проникли судак, жерех, белоглазка, берш, синец, а в обратном направлении получили возможность для расселения речной угорь, речная минога. Во-вторых, строительство шлюзов стало непреодолимым препятствием для проходных и полупроходных видов. В результате из состава ихтиофауны Белого озера и реки Шексны выпали белуга, русский осетр, севрюга, сазан, а в реку Вытегра не заходят на нерест лосось, кумжа и сиги. В-третьих, изменение гидрологического режима и превращение проточных систем в стоячие водоемы способствовало увеличению численности и расселению таких озерных видов, как снеток, ряпушка, судак, лещ, синец, чехонь и др. В тоже время не встречаются или сократили численность такие речные виды, как форель, хариус, елец, речной гольян. В настоящее время в условиях потепления климата в водохранилища проникают виды гидробионтов, характерные для более южных широт. Так в Шекснинское и Рыбинское водохранилища распространилась тюлька, а Рыбинском отмечаются бычок-цуцик, бычок-кругляк. В-четвертых, после строительства Мариинской водной системы рыбу в живом виде стали перевозить в специальных судах (соймах). Однако при штормах такие суда часто терпели крушение, и рыба попадала в естественные водоемы. В результате таким способом в Онежском озере появились стерлядь и сом.
Таким образом, строительство и эксплуатация Мариинской водной системы значительно повлияли на состав рыбного населения. Это воздействие проявляется через создание возможностей для расcеления видов, преграждение путей нерестовых миграций, изменение условий обитания, случайное расселение при перевозки рыбы в живом виде.