Особо охраняемые природные территории (ООПТ) Алтайского края представлены несколькими категориями, в том числе пятью ботаническими памятниками природы [1]: Шимолинский бор, где среди степной растительности часто встречается краснокнижный вид ковыль перистый (Stipa pennata L.); Точилинский борок: на переувлажненной почве в сосняке, среди листостебельных мхов, обитает малочисленная популяция очень редкой орхидеи – липарис Лёзеля (Liparis loeselii (L.) Rich.); Степи у села Сибирячиха: на территории памятника природы произрастают 225 видов высших сосудистых растений, среди которых встречаются редкие и эндемичные, нуждающиеся в особой охране; Трошин лог: на небольшом участке отмечены 9 видов растений, подлежащих особой охране; Венерин башмачок: популяция башмачка настоящего (известнякового) (Cypripedium calceolus L.), расположена в березовом лесу, относящемуся к первичным склоновым березнякам предгорий.
В силу большого разнообразия природы края, флора и растительность охраняется также на территории более тридцати комплексных памятников природы краевого уровня [1].
Работа по выявлению редких и исчезающих растений, а также эндемиков и других видов, уникальных по своей исторической, научной, эстетической, познавательной и культурной значимости должна проводиться планово. Например, на территории г. Бийска и в его окрестностях можно рекомендовать создание ООПТ в местах произрастания редких видов [2]: лесопарк «АБ» (Viola dactyloides Schult., Viola dissecta Ledeb., Neottianthe cucullata (L.) Schlecht., Platanthera bifolia (L.) Rich., S. pennata и др.), сосновый бор в районе «Заречья» (Sanicula europaea L., Asarum europaeum L., Adonis vernalis L., Pulsatilla patens (L.) Mill., Botrychium lunaria (L.) Sw., C. guttatum Sw., P. bifolia), оз Дикое (Orchis militaris L., Menyanthes trifoliata L., P. patens, Anemone caerulеa DC.), о. Иконников (Ophioglossum vulgatum L., Epipactis palustris (L.) Crantz, O. militaris).