На 01.01.2009 г. в Вологодской области было зарегистрировано 172 ООПТ (суммарная площадь 437,13 тыс. га), среди которых преобладают памятники природы (47%) и природные заказники регионального значения (45%), а остальные представлены единичными объектами. Максимальную площадь имеют федеральные ООПТ: Дарвинский заповедник и национальный парк «Русский Север» занимают 38% и 14% площади всех ООПТ соответственно. По числу особо охраняемых природных территорий выделяются Великоустюгский (20), Вытегорский (16) и Устюженский (15) муниципальные районы, но в некоторых районах (Усть-Кубенский, Кадуйский, Сокольский, Сямженский, Вашкинский, Вожегодский, Шекснинский) существует по 1-2 ООПТ, чего мало для формирования эффективной сети. Обращает на себя внимание и неполный спектр категорий ООПТ: в Вожегодском и Сокольском районах есть только памятники природы, в Кадуйском и Сямженском - только государственные природные заказники. По площади ООПТ первые места занимают Кирилловский район (168,9 тыс. га) и Череповецкий (68 тыс. га) районы, последние - Сокольский (0,1 га) и Усть-Кубенский (0,01 га) районы.
Сеть ООПТ Вологодской области не отражает всего ландшафтного разнообразия ее территории. В Молого-Судском, Мало-Двинском, Вологодско-Грязовецком, Верхнесухонском и Верхнеюгском ландшафтах при большом количестве преобладают ООПТ, площадь которых не превышает 100 га. С другой стороны при малом количестве ООПТ в Пришекснинском ландшафте они занимают 30% площади. Аналогичная ситуация складывается в Ковжинско-Белозерском (площадь ООПТ регионального значения составляет 0,8%), Кирилловском (3,8%) и Белозерском (2,6%) ландшафтных районах. В остальных ландшафтах области существовавшая на начало 2009 года сеть ООПТ слабо отражала своеобразие территории и совсем не охватывала уникальных геокомплексов.
Для придания сети ООПТ характера, адекватного ландшафтному разнообразию территории, в Вологодской области уже в 2009 году в пределах Южноонежского ландшафта, не имеющего аналогов в России, был организован охраняемый природный комплекс «Прионежский». Кроме того, для создания ООПТ было зарезервировано 399 ценных природных участков общей площадью 790,1 тыс. га.