Для анализа эффективности управления ООПТТ Вологодской области впервые использована методика МЕТТ (Management Effectiveness Tracking Tool), рекомендованная Международным союзом охраны природы (МСОП). Она подразумевает для каждой ООПТ заполнение трех анкет. Анкета № 1 включает основную информацию об ООПТ (название, занимаемая площадь, расположение и т.д.) и краткие сведения о том, кто и когда проводит оценку. Анкета № 2 содержит список угроз для ООПТ, а анкета № 3 содержит около 30 вопросов, отвечая на которые необходимо выбрать один из четырех взаимоисключающих вариантов, имеющих балльные оценки от 0 (плохо) до 3 (отлично). Анкета может включать также дополнительные вопросы, которые детализируют ключевые темы предыдущих вопросов и позволяют получить по ним дополнительную информацию. Максимальное число баллов, которое может набрать ООПТ при ответе на 30 основных вопросов и 3 дополнительных, равняется 99. Окончательный балл рассчитывается как доля от 99 или от максимального числа баллов, которое можно набрать при ответах на применимые к условиям конкретной ООПТ вопросы.
Анализ эффективности управления 15 ООПТ Вологодской области позволил выявить две группы проблем. Первая является общероссийской и связана с резким ослаблением законодательной защиты федеральных ООПТ, с несоответствием нормативно-правовых актов об ООПТ Земельному, Лесному и другим кодексам, а также с отсутствием в федеральном законодательстве порядка охраны региональных ООПТ, а в большинстве регионов - законодательных норм, восполняющих этот пробел. Вторая группа проблем имеет региональный характер. В первую очередь - это отсутствие Положений о режиме природопользования на ООПТ, что связано с учреждением большинства ООПТ в 1960-1970 гг., когда положения не являлись обязательным документом. Второй проблемой является изменение нормативной базы, регламентирующей деятельность организаций, которым передано управление ООПТ. В соответствии с действующим законодательством охраняющей организацией для всех категорий ООПТ, кроме 68 памятников природы, охрану которых планируется поручить Департаменту лесного комплекса области, может быть только уполномоченный орган исполнительной государственной власти. Оптимальным решением для создавшейся ситуации может быть создание Дирекции по ООПТ, в ведение которой могут быть переданы 104 ООПТ.