Качество поверхностных вод суши Северо-Западного Кавказа не отвечает нормативным требованиям. Несмотря на снижение промышленного и сельскохозяйственного производства, загрязнение водных объектов практически не снизилось, а в ряде мест региона возросло. Гидрохимический состав природных водных объектов региона формируется под влиянием естественных и в значительной степени под влиянием антропогенных факторов: сброса загрязненных и недостаточно очищенных сточных вод промышленных предприятий, объектов жилищно-коммунального хозяйства, поверхностного стока с площадей водосбора, поступления загрязненных пестицидами сбросных вод из оросительных систем.
Многие животноводческие фермы, расположенные в водоохранных зонах, не обвалованы (Лабинский, Анапский, Гулькевичский, Новокубанский районы). В водоохранных зонах рек: Уруп (Успенский, Отрадненский районы), Кукса (Курганинский район), Кубань (Новокубанский, Тбилисский районы, г. Краснодар), Синюха, Камышеватка, б. Горькая (Новокубанский район) выявлены несанкционированные свалки бытовых и промышленных отходов. На реках: Кубань (Новокубанский район), Лаба (Мостовской район), Белая (Белореченский район), реках Туапсинского района и Большого Сочи отмечены случаи несанкционированной выборки песка, гравийно-песчаной смеси.
Массовый характер приобрело выделение земель под дачи и огороды в пределах прибрежных полос малых рек сельскими и поселковыми администрациями всех районов Краснодарского края и Республики Адыгея. Массовая застройка водоохранных зон водных объектов является одной из основных причин, способствующих загрязнению рек и водоемов.
Наиболее благоприятное экологическое состояние вод в пределах региона отмечается в верхнем течении рек Белой, Малой Лабы, рек в пределах Кавказского биосферного заповедника. Острокризисное экологическое состояние вод отмечается особенно в бассейнах рек Кубани, Еи, Бейсуга и рек Черноморского побережья.
Экологическое состояние поверхностных вод Северо-Западного Кавказа остаётся уже долгое время неблагополучным. Наиболее загрязнены реки бассейна Кубани (Лаба, Пшиш и др.) и Восточного Приазовья (Кирпили, Челбас и др.). Их состояние оценивается по шестибалльной шкале: IV - «загрязненная», V - «грязная», VI - «очень грязная» классами чистоты. Самыми неблагополучными участками р. Кубани, с точки зрения загрязненности, остаются места, расположенные ниже городов Армавир, Кропоткин, Краснодар. На Черноморском побережье загрязненность водных объектов несколько ниже и характеризуется, в основном, III - «умеренно-загрязненная» и IV - «загрязненная» классами чистоты.
Многочисленные виды антропогенной деятельности в речных бассейнах создают предпосылки различий в величине годового стока и водном режиме рек.
К основным причинам отсутствия заметного улучшения качества вод можно отнести, прежде всего, уменьшение инвестиций в водоохранную деятельность. Оценка и прогноз антропогенного влияния на сток рек в регионе представляют многолетний аспект специального исследования, требующий федерального финансирования.