Спектральное исследование колебательных спектров цвиттер-ионных форм a-аланина (Ala) для конденсированных состояний проводилось неоднократно – и экспериментально, и теоретически [1–5]. Одной из причин, не позволившей ранее уделить изучению ИК- и КР-спектров незаряженных конформеров Ala в газовой фазе бoльшего внимания, являлось отсутствие соответствующих экспериментальных спектров. Теоретические спектры, несмотря на высокий уровень прогнозирования расчётов колебательных спектров, выполненных с помощью современных программных продуктов, таких как, например, Gaussian, без сравнения с соответствующими экспериментальными спектрами не давали возможности определить конформационный состав Ala в газовой фазе. Авторам работ [6, 7] удалось создать необходимые экспериментальные условия и выполнить регистрацию колебательных ИК Фурье-спектров некоторых аминокислот, в том числе и Ala, при температуре 520 К.
Цель данной работы – выполнить расчёт колебательных (ИК и КР) спектров трёх конформеров Ala в гармоническом и ангармоническом приближениях и провести интерпретацию колебательных спектров с целью определения качественного и количественного конформационного состава Ala в газовой фазе.
Оптимизация геометрии и расчёт колебательных спектров проводился по программе Gaussian-09 [8] с использованием метода DFT в приближении B3LYP и базисного набора 6-311++g(d,p).
Результаты исследования и их обсуждение
Молекулярные диаграммы трёх конформеров Ala, полученных в результате поворота фрагмента СООН относительно аминной группы NH2, приведены на рис. 1, а вычисленные значения частот в гармоническом и ангармоническом приближениях – в табл. 1 и 2.
Ala I Ala II Ala III
Рис. 1. Молекулярные диаграммы трёх конформеров Ala с обозначением атомов
Таблица 1
Вычисленные значения частот колебаний конформеров Ala в гармоническом (νгарм, cм-1) приближении
№ |
Ala I |
Ala II |
Ala III |
|||
νгарм |
Отнесение |
νгарм |
Отнесение |
νгарм |
Отнесение |
|
1 |
60 |
τ(COOH) |
52 |
τ(COOH) |
58 |
τ(COOH) |
2 |
210 |
τ(NH2) |
224 |
τ(CH3) |
233 |
τ(CH3) |
3 |
230 |
τ(CH3) |
236 |
δ(CCC) |
274 |
δ(CCC) |
4 |
265 |
δ(CCC) |
244 |
τ(NH2) |
281 |
τ(NH2) |
5 |
331 |
δ(CCО) |
304 |
δ(CCO) |
354 |
δ(CCO) |
6 |
416 |
δ(CCN) |
362 |
δ(CCN) |
405 |
δ(CCN) |
7 |
493 |
δ(COO) |
528 |
δ(COO) |
529 |
δ(COO) |
8 |
559 |
τ(C-O) |
585 |
τ(C-O) |
567 |
δ(COO) |
9 |
617 |
ω(COO) |
608 |
δ(COO) |
737 |
τ(C-O) |
10 |
730 |
δ(COO) |
769 |
ω(COO) |
802 |
ω(COO) |
11 |
797 |
ν(C-COOH) |
786 |
ν(C-COOH) |
846 |
ω(NH2) |
12 |
825 |
ω(NH2) |
835 |
ω(NH2) |
880 |
ν(C-COOH) |
13 |
938 |
ν(C-CH3) |
913 |
ν(C-CH3) |
935 |
ν(C-CH3) |
14 |
1024 |
ρ(CH3) |
1021 |
ρ(CH3) |
1018 |
ρ(CH3) |
15 |
1102 |
ρ(CH3) |
1075 |
ρ(CH3) |
1074 |
ρ(CH3) |
16 |
1133 |
ν(CN) |
1096 |
ν(C-O) |
1142 |
ν(CN) |
17 |
1185 |
ν(C-O) |
1185 |
ν(CN) |
1206 |
ν(C-O) |
18 |
1233 |
τ(NH2) |
1247 |
τ(NH2) |
1231 |
τ(NH2) |
19 |
1320 |
δ(CОH) |
1340 |
δ(CH) |
1311 |
δ(CH) |
20 |
1344 |
δ(CH) |
1343 |
δ(CОH) |
1390 |
δ(CH) |
21 |
1403 |
δ(CH3) sym |
1400 |
δ(CH3) sym |
1409 |
δ(CH3) sym |
22 |
1416 |
δ(CH) |
1416 |
δ(CH) |
1414 |
δ(COH) |
23 |
1495 |
δ(CH3) asym |
1490 |
δ(CH3) asym |
1491 |
δ(CH3) asym |
24 |
1500 |
δ(CH3) asym |
1500 |
δ(CH3) asym |
1501 |
δ(CH3) asym |
25 |
1639 |
δ(NH2) |
1635 |
δ(NH2) |
1659 |
δ(NH2) |
26 |
1808 |
ν(C=O) |
1819 |
ν(C=O) |
1835 |
ν(C=O) |
27 |
2920 |
ν(CH) |
3024 |
ν(CH3) sym |
3029 |
ν(CH3) sym |
28 |
3040 |
ν(CH3) sym |
3075 |
ν(CH) |
3041 |
ν(CH) |
29 |
3105 |
ν(CH3) asym |
3094 |
ν(CH3) asym |
3093 |
ν(CH3) asym |
30 |
3127 |
ν(CH3) asym |
3103 |
ν(CH3) asym |
3128 |
ν(CH3) asym |
31 |
3516 |
ν(NH2) sym |
3502 |
ν(NH2) sym |
3476 |
ν(OH) |
32 |
3603 |
ν(NH2) asym |
3585 |
ν(NH2) asym |
3511 |
ν(NH2) sym |
33 |
3760 |
ν(OH) |
3761 |
ν(OH) |
3596 |
ν(NH2) asym |
Примечание. ν – валентные колебания связи; δ – деформационные колебания; ω – веерные, ρ – маятниковые и τ – крутильные колебания.
Таблица 2
Экспериментальные [6] (νэксп, cм-1) и вычисленные значения частот и интенсивностей ИК-спектров (Iр,ИК, км/моль) конформеров Ala в ангармоническом (νангарм, cм-1) приближении
№ |
[6] |
Ala I |
Ala II |
Ala III |
|||
νэксп (Iотн) |
νангарм |
Iр,ИК |
νангарм |
Iр,ИК |
νангарм |
Iр,ИК |
|
1 |
56 |
1,0 |
45 |
1,0 |
22 |
0,8 |
|
2 |
223 |
37,5 |
274 |
10,1 |
221 |
0,3 |
|
3 |
242 |
6,5 |
243 |
0,3 |
256 |
14,7 |
|
4 |
272 |
0,5 |
290 |
269 |
200 |
12,7 |
|
5 |
336 |
0,1 |
303 |
12,4 |
341 |
11,3 |
|
6 |
411 |
13,1 |
357 |
5,6 |
408 |
4,2 |
|
7 |
494 |
9,1 |
522 |
9,4 |
520 |
1,5 |
|
8 |
562 |
38,9 |
556 |
73,1 |
568 |
4,0 |
|
9 |
609 |
65,9 |
594 |
54,6 |
728 |
9,7 |
|
10 |
721 |
54,4 |
752 |
59,1 |
788 |
7,1 |
|
11 |
774 |
57,4 |
769 |
14,9 |
746 |
111,2 |
|
12 |
615 |
105,8 |
587 |
135,2 |
825 |
77,4 |
|
13 |
912 |
4,0 |
889 |
16,6 |
907 |
39,1 |
|
14 |
1004 |
1,2 |
998 |
39,2 |
1000 |
0,9 |
|
15 |
1072 |
7,9 |
1040 |
17,2 |
1028 |
45,4 |
|
16 |
1114 (0,92) |
1101 |
240 |
1065 |
119,1 |
1109 |
13,7 |
17 |
1150 |
73 |
1144 |
97,3 |
1160 |
26,7 |
|
18 |
1195 |
8,7 |
1208 |
34,2 |
1202 |
11,5 |
|
19 |
1262 |
24,0 |
1303 |
18,3 |
1268 |
6,7 |
|
20 |
1297 |
5,2 |
1279 |
26,9 |
1352 |
8,4 |
|
21 |
1364 |
8,5 |
1369 |
5,1 |
1374 |
17,8 |
|
22 |
1372 (0,2) |
1380 |
4,2 |
1378 |
18,9 |
1360 |
378,2 |
23 |
1470 |
8,6 |
1476 |
3,3 |
1475 |
3,7 |
|
24 |
1484 |
10,2 |
1490 |
12,6 |
1486 |
11,3 |
|
25 |
1590 (0,15) 1627 (0,14) |
1463 |
67,4 |
1477 |
38,5 |
1595 |
35,5 |
26 |
1785 (1,0) |
1775 |
316,0 |
1785 |
341,1 |
1799 |
342,9 |
27 |
2924 (0,17) |
2788 |
44,8 |
2904 |
17,5 |
2901 |
12,6 |
28 |
2903 |
19,8 |
2935 |
2,8 |
2907 |
14,0 |
|
29 |
2964 |
21,5 |
2951 |
23,3 |
2951 |
27,2 |
|
30 |
2991 (0,18) |
2981 |
16,0 |
2960 |
27,6 |
2983 |
6,7 |
31 |
3373 |
4,7 |
3364 |
1,7 |
3203 |
288,9 |
|
32 |
3444 |
11,2 |
3423 |
4,7 |
3378 |
4,3 |
|
33 |
3575 (0,31) |
3573 |
74,6 |
3558 |
72,4 |
3424 |
11,6 |
Разница энергий DЕ = ЕI,II – ЕIII для конформеров Ala I и II по сравнению с энергией конформера Ala III, обладающего, как показал расчёт, наименьшей энергией среди конформеров I–III, составляет 1,44 и 2,44 ккал/моль соответственно, что предполагает возможность одновременного существования нескольких конформеров Ala в газовой фазе.
Для анализа смеси конформеров Ala в газовой фазе – выяснения качественного и количественного состава – был выполнен расчёт частот нормальных колебаний трёх конформеров Ala в гармоническом и ангармоническом приближениях.
Анализ форм нормальных колебаний Ala I, II и III показал, что имеются некоторые отличия в интерпретации колебаний 2–4, 8–12, 16–22 и 31–33, что связано с разным пространственным расположением аминной группы относительно связи ОН. Например, возможное образование внутримолекулярной водородной связи N…HO в конформере Ala III приводит к понижению частоты валентного колебания связи ОН на 285 см-1, а частота деформационного колебания δ(NH2) повышается на 25 см-1 по сравнению с частотами аналогичных колебаний конформеров Ala I и Ala II (табл. 1).
В работе [6] интерпретация колебательного спектра Ala в газовой фазе была выполнена для Ala, структура которого отвечает конформеру Ala I, т.е. согласно авторам этой работы состав газовой фазы определяется только присутствием Ala I. Действительно, сравнение ИК-спектра Ala I (рис. 2, а) с экспериментальным ИК-спектром Ala, зарегистрированным в газовой фазе (рис. 3, а), показывает их достаточно хорошее согласие. В то же время существует ряд полос, появление которых нельзя объяснить присутствием в газовой фазе только одного конформера Ala I. Например, отсутствие в вычисленном ИК-спектре Ala I полос поглощения в области ~ 3500 и 1400 см-1. Кроме того, в вычисленных спектрах всех конформеров Ala отсутствует полоса поглощения с частотой 1590 см-1, присутствие которой фиксируется в экспериментальном спектре.
Для уточнения структурного состава Ala в газовой фазе был выполнен расчёт частот нормальных колебаний трёх конформеров Ala I, II, III в ангармоническом приближении, результаты которого отражены в табл. 2.
Как показывает сравнение вычисленных и экспериментальных частот в области 1000–1800 см-1, в газовой фазе обязательно присутствие конформера Ala III, т.к. именно в спектре Ala III проявляется колебание 25 с частотой 1590 см-1. Аналогичное сравнение в высокочастотной спектральной области 2000–4000 см-1 говорит о присутствии одного или обоих конформеров Ala I и Ala II, т.к. колебательные спектры этих конформеров содержат колебание 33 с частотой 3575 см-1. Экспериментальное колебание с частотой 1627 см-1 может быть отнесено к составному колебанию 8 + 16 конформера Ala II. При этом интенсивность составного колебания сопоставима с интенсивностью основного колебания с частотой 1590 см-1, что является следствием резонанса Ферми, приводящего к перераспределению интенсивностей между фундаментальными и составными колебаниями.
На рис. 2 приведены теоретические ИК-спектры таутомеров Ala I, Ala II и Ala III.
Рис. 2. ИК-спектры конформеров Ala I (а), Ala II (б) и Ala III (в)
Рис. 3. Экспериментальный (а) [6] и вычисленный (б) ИК-спектр смеси конформеров Ala I (50 %), Ala III (40 %) и Аla II (10 %)
Для определения конформационного состава Ala в газовой фазе был вычислен суммарный спектр, представляющий суперпозицию спектров всех трёх конформеров со следующим процентным содержанием в смеси: 50 % Ala I, 40 % Ala III и 10 % Аla II. Точность определения конформационного состава составляет 3–5 %. Полученный вычисленный спектр, хорошо согласующийся с экспериментальным ИК-спектром Ala (рис. 3, а), представлен на рис. 3, б.
Выводы
В данной работе было выполнено моделирование структуры и колебательных спектров трёх конформеров Ala I, II и III, энергии которых отличаются друг от друга на 1,44 и 2,44 ккал/моль, что предполагает возможность их одновременного существования в газовой фазе.
Расчёт частот нормальных колебаний конформеров Ala I, II и III в ангармоническом приближении позволил выполнить надёжную интерпретацию колебательного спектра и определить состав Ala в газовой фазе как смесь трёх конформеров Ala I (50 %), Ala III (40 %) и Аla II (10 %). Полученный суммарный ИК-спектр находится в хорошем согласии с экспериментальным спектром поглощения Ala, зарегистрированным в газовой фазе.