Спектральное исследование колебательных спектров цвиттер-ионных форм a-аланина (Ala) для конденсированных состояний проводилось неоднократно – и экспериментально, и теоретически [1–5]. Одной из причин, не позволившей ранее уделить изучению ИК- и КР-спектров незаряженных конформеров Ala в газовой фазе бoльшего внимания, являлось отсутствие соответствующих экспериментальных спектров. Теоретические спектры, несмотря на высокий уровень прогнозирования расчётов колебательных спектров, выполненных с помощью современных программных продуктов, таких как, например, Gaussian, без сравнения с соответствующими экспериментальными спектрами не давали возможности определить конформационный состав Ala в газовой фазе. Авторам работ [6, 7] удалось создать необходимые экспериментальные условия и выполнить регистрацию колебательных ИК Фурье-спектров некоторых аминокислот, в том числе и Ala, при температуре 520 К.
Цель данной работы – выполнить расчёт колебательных (ИК и КР) спектров трёх конформеров Ala в гармоническом и ангармоническом приближениях и провести интерпретацию колебательных спектров с целью определения качественного и количественного конформационного состава Ala в газовой фазе.
Оптимизация геометрии и расчёт колебательных спектров проводился по программе Gaussian-09 [8] с использованием метода DFT в приближении B3LYP и базисного набора 6-311++g(d,p).
Результаты исследования и их обсуждение
Молекулярные диаграммы трёх конформеров Ala, полученных в результате поворота фрагмента СООН относительно аминной группы NH2, приведены на рис. 1, а вычисленные значения частот в гармоническом и ангармоническом приближениях – в табл. 1 и 2.
 
  
 
Ala I Ala II Ala III
Рис. 1. Молекулярные диаграммы трёх конформеров Ala с обозначением атомов
Таблица 1
Вычисленные значения частот колебаний конформеров Ala в гармоническом (νгарм, cм-1) приближении
| № | Ala I | Ala II | Ala III | |||
| νгарм | Отнесение | νгарм | Отнесение | νгарм | Отнесение | |
| 1 | 60 | τ(COOH) | 52 | τ(COOH) | 58 | τ(COOH) | 
| 2 | 210 | τ(NH2) | 224 | τ(CH3) | 233 | τ(CH3) | 
| 3 | 230 | τ(CH3) | 236 | δ(CCC) | 274 | δ(CCC) | 
| 4 | 265 | δ(CCC) | 244 | τ(NH2) | 281 | τ(NH2) | 
| 5 | 331 | δ(CCО) | 304 | δ(CCO) | 354 | δ(CCO) | 
| 6 | 416 | δ(CCN) | 362 | δ(CCN) | 405 | δ(CCN) | 
| 7 | 493 | δ(COO) | 528 | δ(COO) | 529 | δ(COO) | 
| 8 | 559 | τ(C-O) | 585 | τ(C-O) | 567 | δ(COO) | 
| 9 | 617 | ω(COO) | 608 | δ(COO) | 737 | τ(C-O) | 
| 10 | 730 | δ(COO) | 769 | ω(COO) | 802 | ω(COO) | 
| 11 | 797 | ν(C-COOH) | 786 | ν(C-COOH) | 846 | ω(NH2) | 
| 12 | 825 | ω(NH2) | 835 | ω(NH2) | 880 | ν(C-COOH) | 
| 13 | 938 | ν(C-CH3) | 913 | ν(C-CH3) | 935 | ν(C-CH3) | 
| 14 | 1024 | ρ(CH3) | 1021 | ρ(CH3) | 1018 | ρ(CH3) | 
| 15 | 1102 | ρ(CH3) | 1075 | ρ(CH3) | 1074 | ρ(CH3) | 
| 16 | 1133 | ν(CN) | 1096 | ν(C-O) | 1142 | ν(CN) | 
| 17 | 1185 | ν(C-O) | 1185 | ν(CN) | 1206 | ν(C-O) | 
| 18 | 1233 | τ(NH2) | 1247 | τ(NH2) | 1231 | τ(NH2) | 
| 19 | 1320 | δ(CОH) | 1340 | δ(CH) | 1311 | δ(CH) | 
| 20 | 1344 | δ(CH) | 1343 | δ(CОH) | 1390 | δ(CH) | 
| 21 | 1403 | δ(CH3) sym | 1400 | δ(CH3) sym | 1409 | δ(CH3) sym | 
| 22 | 1416 | δ(CH) | 1416 | δ(CH) | 1414 | δ(COH) | 
| 23 | 1495 | δ(CH3) asym | 1490 | δ(CH3) asym | 1491 | δ(CH3) asym | 
| 24 | 1500 | δ(CH3) asym | 1500 | δ(CH3) asym | 1501 | δ(CH3) asym | 
| 25 | 1639 | δ(NH2) | 1635 | δ(NH2) | 1659 | δ(NH2) | 
| 26 | 1808 | ν(C=O) | 1819 | ν(C=O) | 1835 | ν(C=O) | 
| 27 | 2920 | ν(CH) | 3024 | ν(CH3) sym | 3029 | ν(CH3) sym | 
| 28 | 3040 | ν(CH3) sym | 3075 | ν(CH) | 3041 | ν(CH) | 
| 29 | 3105 | ν(CH3) asym | 3094 | ν(CH3) asym | 3093 | ν(CH3) asym | 
| 30 | 3127 | ν(CH3) asym | 3103 | ν(CH3) asym | 3128 | ν(CH3) asym | 
| 31 | 3516 | ν(NH2) sym | 3502 | ν(NH2) sym | 3476 | ν(OH) | 
| 32 | 3603 | ν(NH2) asym | 3585 | ν(NH2) asym | 3511 | ν(NH2) sym | 
| 33 | 3760 | ν(OH) | 3761 | ν(OH) | 3596 | ν(NH2) asym | 
Примечание. ν – валентные колебания связи; δ – деформационные колебания; ω – веерные, ρ – маятниковые и τ – крутильные колебания.
Таблица 2
Экспериментальные [6] (νэксп, cм-1) и вычисленные значения частот и интенсивностей ИК-спектров (Iр,ИК, км/моль) конформеров Ala в ангармоническом (νангарм, cм-1) приближении
| № | [6] | Ala I | Ala II | Ala III | |||
| νэксп (Iотн) | νангарм | Iр,ИК | νангарм | Iр,ИК | νангарм | Iр,ИК | |
| 1 | 56 | 1,0 | 45 | 1,0 | 22 | 0,8 | |
| 2 | 223 | 37,5 | 274 | 10,1 | 221 | 0,3 | |
| 3 | 242 | 6,5 | 243 | 0,3 | 256 | 14,7 | |
| 4 | 272 | 0,5 | 290 | 269 | 200 | 12,7 | |
| 5 | 336 | 0,1 | 303 | 12,4 | 341 | 11,3 | |
| 6 | 411 | 13,1 | 357 | 5,6 | 408 | 4,2 | |
| 7 | 494 | 9,1 | 522 | 9,4 | 520 | 1,5 | |
| 8 | 562 | 38,9 | 556 | 73,1 | 568 | 4,0 | |
| 9 | 609 | 65,9 | 594 | 54,6 | 728 | 9,7 | |
| 10 | 721 | 54,4 | 752 | 59,1 | 788 | 7,1 | |
| 11 | 774 | 57,4 | 769 | 14,9 | 746 | 111,2 | |
| 12 | 615 | 105,8 | 587 | 135,2 | 825 | 77,4 | |
| 13 | 912 | 4,0 | 889 | 16,6 | 907 | 39,1 | |
| 14 | 1004 | 1,2 | 998 | 39,2 | 1000 | 0,9 | |
| 15 | 1072 | 7,9 | 1040 | 17,2 | 1028 | 45,4 | |
| 16 | 1114 (0,92) | 1101 | 240 | 1065 | 119,1 | 1109 | 13,7 | 
| 17 | 1150 | 73 | 1144 | 97,3 | 1160 | 26,7 | |
| 18 | 1195 | 8,7 | 1208 | 34,2 | 1202 | 11,5 | |
| 19 | 1262 | 24,0 | 1303 | 18,3 | 1268 | 6,7 | |
| 20 | 1297 | 5,2 | 1279 | 26,9 | 1352 | 8,4 | |
| 21 | 1364 | 8,5 | 1369 | 5,1 | 1374 | 17,8 | |
| 22 | 1372 (0,2) | 1380 | 4,2 | 1378 | 18,9 | 1360 | 378,2 | 
| 23 | 1470 | 8,6 | 1476 | 3,3 | 1475 | 3,7 | |
| 24 | 1484 | 10,2 | 1490 | 12,6 | 1486 | 11,3 | |
| 25 | 1590 (0,15) 1627 (0,14) | 1463 | 67,4 | 1477 | 38,5 | 1595 | 35,5 | 
| 26 | 1785 (1,0) | 1775 | 316,0 | 1785 | 341,1 | 1799 | 342,9 | 
| 27 | 2924 (0,17) | 2788 | 44,8 | 2904 | 17,5 | 2901 | 12,6 | 
| 28 | 2903 | 19,8 | 2935 | 2,8 | 2907 | 14,0 | |
| 29 | 2964 | 21,5 | 2951 | 23,3 | 2951 | 27,2 | |
| 30 | 2991 (0,18) | 2981 | 16,0 | 2960 | 27,6 | 2983 | 6,7 | 
| 31 | 3373 | 4,7 | 3364 | 1,7 | 3203 | 288,9 | |
| 32 | 3444 | 11,2 | 3423 | 4,7 | 3378 | 4,3 | |
| 33 | 3575 (0,31) | 3573 | 74,6 | 3558 | 72,4 | 3424 | 11,6 | 
Разница энергий DЕ = ЕI,II – ЕIII для конформеров Ala I и II по сравнению с энергией конформера Ala III, обладающего, как показал расчёт, наименьшей энергией среди конформеров I–III, составляет 1,44 и 2,44 ккал/моль соответственно, что предполагает возможность одновременного существования нескольких конформеров Ala в газовой фазе.
Для анализа смеси конформеров Ala в газовой фазе – выяснения качественного и количественного состава – был выполнен расчёт частот нормальных колебаний трёх конформеров Ala в гармоническом и ангармоническом приближениях.
Анализ форм нормальных колебаний Ala I, II и III показал, что имеются некоторые отличия в интерпретации колебаний 2–4, 8–12, 16–22 и 31–33, что связано с разным пространственным расположением аминной группы относительно связи ОН. Например, возможное образование внутримолекулярной водородной связи N…HO в конформере Ala III приводит к понижению частоты валентного колебания связи ОН на 285 см-1, а частота деформационного колебания δ(NH2) повышается на 25 см-1 по сравнению с частотами аналогичных колебаний конформеров Ala I и Ala II (табл. 1).
В работе [6] интерпретация колебательного спектра Ala в газовой фазе была выполнена для Ala, структура которого отвечает конформеру Ala I, т.е. согласно авторам этой работы состав газовой фазы определяется только присутствием Ala I. Действительно, сравнение ИК-спектра Ala I (рис. 2, а) с экспериментальным ИК-спектром Ala, зарегистрированным в газовой фазе (рис. 3, а), показывает их достаточно хорошее согласие. В то же время существует ряд полос, появление которых нельзя объяснить присутствием в газовой фазе только одного конформера Ala I. Например, отсутствие в вычисленном ИК-спектре Ala I полос поглощения в области ~ 3500 и 1400 см-1. Кроме того, в вычисленных спектрах всех конформеров Ala отсутствует полоса поглощения с частотой 1590 см-1, присутствие которой фиксируется в экспериментальном спектре.
Для уточнения структурного состава Ala в газовой фазе был выполнен расчёт частот нормальных колебаний трёх конформеров Ala I, II, III в ангармоническом приближении, результаты которого отражены в табл. 2.
Как показывает сравнение вычисленных и экспериментальных частот в области 1000–1800 см-1, в газовой фазе обязательно присутствие конформера Ala III, т.к. именно в спектре Ala III проявляется колебание 25 с частотой 1590 см-1. Аналогичное сравнение в высокочастотной спектральной области 2000–4000 см-1 говорит о присутствии одного или обоих конформеров Ala I и Ala II, т.к. колебательные спектры этих конформеров содержат колебание 33 с частотой 3575 см-1. Экспериментальное колебание с частотой 1627 см-1 может быть отнесено к составному колебанию 8 + 16 конформера Ala II. При этом интенсивность составного колебания сопоставима с интенсивностью основного колебания с частотой 1590 см-1, что является следствием резонанса Ферми, приводящего к перераспределению интенсивностей между фундаментальными и составными колебаниями.
На рис. 2 приведены теоретические ИК-спектры таутомеров Ala I, Ala II и Ala III.

Рис. 2. ИК-спектры конформеров Ala I (а), Ala II (б) и Ala III (в)

Рис. 3. Экспериментальный (а) [6] и вычисленный (б) ИК-спектр смеси конформеров Ala I (50 %), Ala III (40 %) и Аla II (10 %)
Для определения конформационного состава Ala в газовой фазе был вычислен суммарный спектр, представляющий суперпозицию спектров всех трёх конформеров со следующим процентным содержанием в смеси: 50 % Ala I, 40 % Ala III и 10 % Аla II. Точность определения конформационного состава составляет 3–5 %. Полученный вычисленный спектр, хорошо согласующийся с экспериментальным ИК-спектром Ala (рис. 3, а), представлен на рис. 3, б.
Выводы
В данной работе было выполнено моделирование структуры и колебательных спектров трёх конформеров Ala I, II и III, энергии которых отличаются друг от друга на 1,44 и 2,44 ккал/моль, что предполагает возможность их одновременного существования в газовой фазе.
Расчёт частот нормальных колебаний конформеров Ala I, II и III в ангармоническом приближении позволил выполнить надёжную интерпретацию колебательного спектра и определить состав Ala в газовой фазе как смесь трёх конформеров Ala I (50 %), Ala III (40 %) и Аla II (10 %). Полученный суммарный ИК-спектр находится в хорошем согласии с экспериментальным спектром поглощения Ala, зарегистрированным в газовой фазе.
Библиографическая ссылка
Тен Г.Н., Щербакова Н.Е., Баранов В.И. ОПРЕДЕЛЕНИЕ КОНФОРМАЦИОННОГО СОСТАВА Α-АЛАНИНА В ГАЗОВОЙ ФАЗЕ // Успехи современного естествознания. 2017. № 9. С. 30-35;URL: https://natural-sciences.ru/ru/article/view?id=36536 (дата обращения: 01.11.2025).



